看这里！我感觉我们这个比较符合你的要求了,支持的格式有DOCX/MD/HTML/EPUB2/EPUB3/KOEPUB/PDF/MOBI/AZW3。PDG和DOC还没有做。
软件名字叫WeBooK。本身不是作为阅读器来设计的，但是你说的格式支持，阅读，保存笔记都支持。我之前在发现频道发过一次，可以点这里查看
只需要把你的所有文件一起导入到WeBooK就可以了。
另外：
你可以从网上保存网页、导入以上格式的本地文件、编辑这些文件或者网页，然后整理成书。
这样就可以把所有有相关性的内容全部整理到一本电子书里阅读。
我们的网站地址：bookn.net