Obsidian可以看稻米鼠的介绍
我个人选择obsidian的原因也是所有记录都能以markdown的格式保存并且随时可以用其他编辑器打开，不会遗失或被绑定到什么平台。另一个优势是开源的插件市场，能满足各种奇奇怪怪的需求。
但包括logseq、思源笔记、notion、joplin这些在内，这几款都是单纯的笔记软件，用作书摘的无法直接获取书籍的元信息。
或者你可以尝试Calibre，是个电子书管理工具，能自动抓取封面等元信息，比较新的版本里提供了批注和高亮功能（这个功能我没用过）。
或者bookxnote，是个适合学习和做笔记的阅读器。
关于zotero，可以试试zotero-better-notes这个插件