PDF格式的诞生就是为了在所有设备上阅读都保持一致性，所以应该是文件本身的问题。
我最近下载了一些mobi格式的漫画，它就是有跟你这样类似的问题。
即漫画内容一下靠左一下靠右，中间还存在空白页。
我怀疑就是从这类格式直接不加处理的转换成PDF了。
提供一下我的处理方法给你参考：
我通过Calibre将mobi格式转为docx以后（转格式仍然得到图片错位的文档），用论坛之前讨论过的提取word图片问题，使用quicker批量提取图片，得到漫画图片后再使用PDF编辑器将图片合成一个PDF文件。