思源搞了一堆json存储数据. 当节点数足够多后(比如你用这个存了大量网页). 性能将严重下降.
Obsidian ，强烈建议
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你说的「性能将严重下降」是推测，还是已经碰到了？
你可以试试. 直接导入几百篇短文. 或者你导入一本 古龙的小说(因为都是短句).
我导入了两本 17.8MB 的《晚唐浮生》，一本每个段落与段落之间加了空行，确保导入思源笔记是单独的块，大约有14.25万个块，580万字。
另一本未加空行，块的个数少一些，但是块大一些。
合计共导入1160万字。
实验结果：
无论浏览、编辑还是搜索都是流畅的
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我又发现了 MHTML 这个格式，虽然定义得不是很漂亮，但现在已经被各大浏览器给支持了。还有好几个笔记软件也支持。
使用这个格式的时候，可以把 markdown 最终生成的 HTML 放进去，同时也包含对应的 markdown 文本。这样子做有个好处是在各种系统里面只要浏览器，即可阅读这个文档，不需要第三方的软件。
看起来是缝合版的notion+obsidian + 国内云(速度可以，内容会不会丢失存疑）
但是可以自己docker部署 ， 数据就不会容易消失了
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我看到几个人说joplin笔记会丢失，看来目前oobsidian完胜。。。如果印象笔记/evernote把他那个笔记程序给开源了，应该是最好了吧。
不存在一个笔记工具完胜另外一个笔记工具。
每个人使用笔记的目的不同，记笔记的方式不同，对工具的偏好不一样，他眼中的最佳笔记软件就不会相同。
比如obsidian的编辑器我就无法忍受，当把光标移动到一个加粗文本上时，突然两边冒出一对*号，把整个段落都撑长了，光标移出去，啪的一下段落又缩短了。这跳动文字是让我和文字玩捉迷藏吗？如果把光标不小心移动到网址或者图片上，oh，眼睛都晃瞎。
其次是性能，虽然性能已经提升了好几拨了，文件数量一多，无论是打开仓库还是搜索，都明显的慢。
再次，插件维护，有的插件用的好好的，obsidian主体软件一升级，用不了了。
还有，作为免费软件，Obsidian 自身质量还可以，但是功能简陋，它丰富的功能由的数量庞大的插件来支撑。可是这些插件大多数是个人用户的作品，质量无法和商业软件相提并论。比如我最爱的 Excalidraw，作者技术强大，而且一直保持旺盛的开发精力，没人会质疑它的强大，但是使用体验……
一个人曾经使用在线笔记，所以现在把数据掌握在自己手里放到最高的权重，而且还要加码，不仅要掌握在自己手里，而且要用纯文本的格式保存。这样未来世界末日到了，笔记都打得开。安全吗？安全。好用吗？我看不一定。无非满足了心理的某种需要而已。
忠告：不要寻找大一统，全满足的笔记软件，这个东西还没有被地球人创造出来。弄清楚自己的做笔记的核心需求，寻找对应的解决方案。
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向量数据库已经可以把搜索内容从精确匹配提升到相似理解了.
LLM+ embeding 则可以对你的笔记提问,直接获得答案(一定程度上).
现在各种原因还没有便宜这种集大成者给普通用户使用.
但我们至少要保证自己数据是本地的,可方便二次利用的. 而纯文本或者pdf, word等基础格式是靠谱的.
大家选替代evernote还是按这个路子来吧.以后可以直接升级到个人的智能知识库.
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我用过的大部分云服务都丢过数据，简直就是“正常”现象。重要数据还得靠自己多多备份。
手动备份其实是很 “理想” 的事，实际上半年一次都算高频了。
所以我觉得笔记软件要避免使用 SaaS，尽量选择【本地储存+云端同步】。本地云端双备份，可用性拉满（虽然我也遇到过无缘由的同步失败的情况，不过数据还是在的）
并不一定要手动
备份纯看个人习惯。
我一直是手动备份，对于数据的安全，我只相信【多多备份】。
下面这套操作流程已经执行十多年了，虽然有改动，但核心的【硬盘+光盘】的方式一直保留着。
〇、备份原则
全量备份，多多备份，冗余备份。（没有严格按三二一备份原则去操作）
一、备份设备
我的主要备份设备是：硬盘、光盘。
次要：手机、U盘、云盘。
二、备份频次
（一），热备份
1，备份数据类型：最最重要的数据。
2，备份频次：最长不超过3天/次。
3，备份设备：主要是向两个硬盘中做备份，每次的备份都会保留。
同时会向手机和多个U盘中备份，不过只保留最新的一次备份。
然后还会将数据加密后，上传到云盘，勉强算是“异地备份”。
（二），冷备份
1，备份数据类型：最最重要的数据+期间新增的照片、视频等。
2，备份频次：最长不超过1.5月/次。
3，备份设备：此时会向三个专用硬盘中备份。
同时会刻光盘（没错，就是光盘），其中DVD盘会同时刻两套，蓝光盘刻一套。
三、吐槽
1，硬盘
垂直盘是真的越来越难挑了。
2，光盘
刻盘是真的耗时间啊，虽然期间不耽搁干其它事，但一直要惦记着。
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恩，所以您现在是使用在线笔记，是思源笔记吗？看你说的obsidian的缺点，我估计我也忍受不了。。。我觉得没有满足要求的软件吧：数据可导出与通用性，邮件生成笔记，多端使用与易用性其中onenote就不好用，搜索功能。目前就3年前的evernote满足，其他没怎么尝试。
我使用了几个笔记工具，其中思源笔记是其中一个。它主要用来做笔记和存储收集的信息。思源笔记的优点在于运行流畅，双链支持比较好，查询、搜索和引用功能都不错。对于数据，思源笔记可以把笔记导出为md文档。对于软件的可持续性，它已经开源了。然而，它的白板功能比较弱，因此我使用boardmix来代替。
另外，思源笔记的手机端设计思路是复刻桌面端的功能，缺乏速记功能，尽管可以通过微信发消息来保存消息，但我并不使用这个功能。
至于数据同步方面，我使用的是s3同步，目前每个月的费用还不到1毛钱。
对于手机上的速记需求，我使用一木清单来完成，因为它可以一键进入输入状态，同时也是我的任务管理清单。
看了你的需求，应该没有一款软件可以完美满足，建议你可以把需求分别用几个软件来实现。
这个帖子中很多人都非常在意数据的可迁移性。可迁移性和易用性有时候是矛盾的。如果一定要把数据用纯文本来保存，就无法实现白板这种自由、可视化的效果。当然这是极端的例子。Obsidian 用 .md 格式，编辑器就有所妥协，一些情况中标记符号会冒出来，这就是对使用体验的损害。
我认为，笔记是临时的，它的80%的价值在于帮助我们理解、吸收知识，并提升智慧。在做笔记时，笔记的形态是否易操作、美观、易用，这些都直接影响着我们当下记笔记的体验，进而影响我们学习和思考的效率。换句话说，如果一篇笔记能够在当下更高效地提升智慧，那么为什么要担心它是否能在10年后打开呢？（这实际上是小概率事件，即使Evernote现在看起来不太靠谱，数据也还在吧）你现在看10年前的的笔记，觉得价值大吗？10年收藏的网页，现在还有用吗？将来的事情留给将来，笔记首先是为了服务当下。
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你說這個其實TiddlyWiki也可以，獨立的網頁。
居然没一个人推荐Notion，All in one的笔记当然必须推荐Notion，或者Notion类工具。
官方Notion现在也不限制块数，只有上传5M文件的限制，等于是无限空间无限容量的云端笔记，到出到md，word和pdf也非常方便。
Notion 是在线笔记，这一点就没有「数据掌握在手中」的感觉
不是说必须离线笔记才有安全感，在线的大公司提供云服务只要稳定就有安全感。Notion能方便到出就行，特别是MD、DOC、PDF都是通用标准格式，其他笔记都支持导入。
以我用了20多年笔记软件，从本地笔记，到被迫网络时代的云同步的总体经验来说还是拥抱云时代吧，而云笔记中Notion最好，这是我从网文快捕到Evernote到印象笔记，为知笔记，Obsidian，roam，有道，思源，我来，钉钉，飞书，语雀，OneNote，Flomo，群晖笔记等等这些笔记都用过体验过的最终选择，但是不可否认学习曲线最高也是Notion，蜜糖还是砒霜这就看个人了，毕竟每个人不一样。
至少Notion体量和用户量特别易用性和功能，扩展性完胜其他任何笔记软件。
安全主要还是3-2-1备份原则。