提一个建议：
1、建立一个内存虚拟磁盘，10G左右大小（既然是json小文件，一个算10k，50万个，应该大致在5G左右）。
2、将小文件夹迁移到虚拟磁盘上，然后用压缩软件的“仅打包”模式进行压缩。
相信速度一定令你满意。
但是消耗时间在“将小文件夹迁移到虚拟磁盘上”这里，哈哈。
不管为啥方案，文件系统对小文件处理很慢都没法解决的。
局域网的话，用Syncthing之类的同步工具会不会方便点。
根据我的经验，这个过程是非常快的，因为windows的读取速度很快，但写入速度就经常非常慢，而往虚拟磁盘中写入，恰好利用了虚拟磁盘内存般的闪电速度，实际迁移速度还是非常快的。
如果是这样的话，还不如直接打包到压缩文件里面。