需要纠正题主两个误区：
1.全拼并不会增加重码。
以小鹤为例，虽然k键包含ing和uai两个韵母，感觉会出现同一双拼编码对应两个音，例如KK同时代表king和kuai，会增加重码。实际上并不是这样，因为中文并没有king这个音。同样，有huai（坏）但是没有hing，有chuai(揣)但是没有ching。这也是双拼的一个基础：有些韵母是互斥的，并不会和同一声母组合。
可以参考下图
2.音码和形码其实是互相独立的，换句话说，你完全可以用自然码的音码+小鹤的形码，并不会出现太大的问题（主要的问题是简码），当然码表可能就要自己做了。
另外补充一点：
双拼能提高效率并不完全是因为减少了击键，之前简单的统计了一下，以鲁迅先生《孔乙己》为例，双拼编码比全拼编码少1/3，如果算上标点和选字增加的击键数量，节约比例的其实更小（绝对数量不变）。
全拼有一个问题是很多常用的韵母分布过于分散，例如ao，就一个在最左边一个在最右边，对于键盘输入影响不大，对于手机单手输入影响就很大了。而拼音的编码在可预见的将来是不会变化了，而双拼经过优化，人为制作了大量的双击，同时减少了小指和无名指的负荷，以题主的这篇回答来说，下面是以小鹤方案分析的结果。网站地址如下：
可以看到右手与左手负荷相当而略高，同时主要集中在食指和中指，而这点也是各个双拼方案之间的区别之一。