写在前面
作为一个资深松鼠症患者，虽然买不起房，但靠硬盘来满足一下自己的囤积癖还是不成问题的。网上看到的新鲜的点子和感兴趣的知识，自己踩过的坑和解决坑的办法，乃至偶尔发牢骚写的东西，这些所有都想记下来。但是如何有机地把这些东西整理起来？这是个问题。这篇帖子写一些我的经验和看法，权当抛砖引玉。如果大家有更好的主意，欢迎回复。
需求
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快速地从各种来源截取信息（如果信息来源于互联网，那么要求能保存为独立的本地文档），包括但不限于：网页（博客、百科、GitHub等，最好能同时保存链接和快照），文档（pdf、epub等，能够同时保存全文），论文、标准（获取全文的同时保存作者、年份、DOI等元数据）。
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在上一条获取的信息中做批注：如高亮、文字批注等。
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创建自己的笔记页面，精确地引用以上信息（具体到某段话或者某图片），并具备向引用来源跳转的能力。
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所有信息条目/笔记可以加上tag或分层级管理。
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导出！“工具关闭恐惧症”害怕信息和平台一并消亡。
我尝试过的工具
偏向文献/信息管理的工具
Zotero
可以覆盖需求1、4。对于pdf文件，可以先在阅读器中做笔记，再用Zotfile插件提取笔记，部分实现需求2。对于pdf文件可以基本实现精确引用并跳转。
重点提一下，zotero对于各种论文和标准的获取能力很强，基本上对于所有在线库都可以很快地获取到全文和相关信息。Zotero本身并不提供写独立笔记的功能，引用只能插入到外部的笔记软件：要么选择标准论文引用格式（纯文本，不可跳转），要么选择内部url（可跳转，如：点击这个链接 zotero://open-pdf/library/items/JTKB4PGB?page=158 会通过zotero调用pdf阅读器，跳转到本地某个pdf的158页）。
citavi
整个软件提供了满足需求1、2、4的所有功能，需求3部分实现，但是截取信息的能力相当鶸……而且软件运行速度慢、免费版有文献条目限制。另外，所有内容都存储在软件的数据库中，大部分笔记都无法导出，这不禁让人有点害怕。
偏向笔记的工具
大部分笔记软件都只能记笔记（这好像是句废话……）。即使能从网络上截取内容，多半也是只能简单地截取一些文字和图片，然后直接插入笔记里，或者手动插入附件，所以不存在引用和标注的问题。markdown语法支持链接到文件，基于markdown的笔记软件也许可以实现基本的引用。
wiki类工具
wiki平台种类太多，另外搭建有点费力，所以我还没自己搭建过（其实是因为懒）。由于wiki本身就是一种偏向于在线、团队合作的工具，所以需求2不太可能，需求1和3中的“引用”只能说在某种程度上实现了。
一些可能相关的杂七杂八信息
Project Xanadu
史上最大Vaporware（之一？），也许是互联网文档引用的究极形态。
zettelkasten 笔记法
据说是一种传奇的笔记法。先读资料，对内容做快速笔记。然后定期整理快速笔记，得到自己的产出“永久笔记”，并写上相关永久笔记的位置。最后的“永久笔记”才是真正的笔记，其他东西是药渣，弃之不食。
据说最近流行的一些在线笔记平台都或多或少地借鉴了这两种想法，我还没有尝试过（并且考虑到平台的稳定性，懒得转移上去），所以不做评价。
所以得会强调 “消化” 知识的阶段。