楼主的需求我目前也没有好办法，感觉挺难的，至少要付出很多努力，这么多文件换我也会睡不着
文件名管理的话，可以参考一下这个文章的思路
元数据文件命名法
软件的话，可以试试 Zotero、Eagle、Billfish 这种文件管理软件能不能符合要求
Zotero
- 提供的元数据比较丰富，还能留点笔记方便以后找
- 存储逻辑是：收藏夹 - Item - 附件
- 元数据和标签是 Item 层面，文件、笔记是附件层面
Eagle 的操作和预览更丝滑一些，可以打标签、写备注、打分
Zotero 和 Eagle 都有插件功能，也能实现一些高级的个性化需求